育种是指通过引种、选种、杂交育种以及生物技术育种或者良种繁育等手段改良植物原有性状而创造新品种的技术与过程。目前芍药的育种主要还是采用传统的有性杂交育种方式。
一、 杂交育种
通过杂交育种，把亲本的有益性状综合在一起，创新种质，获得较强的杂种优势以形成新的品质性状和对病、虫、寒、旱、涝等胁迫的抗逆性状。杂交育种是实现芍药种质创新的有效途径，尤其是芍药组内及组间远缘杂交，可以打破种、组间的杂交障碍以获得更大的遗传变异，把不同种、组优良性状结合起来，是实现芍药品种改良和种质创新的重要和有效途径。
二、 倍性育种
多倍体化是植物进化中的普遍现象，多倍体的观赏植物一般具有茎秆粗大、花大、重瓣性强、花色浓艳、抗性增强等优良特点，观赏价值极高。芍药属染色体基数为5，染色体数目为2n=10或2n=20，属大型染色体。中国芍药品种起源单一，为芍药种内品种间相互杂交育出，都是二倍体（2n=2x=10）,目前国内芍药具有茎秆较细，容易垂头等缺点，所以对芍药进行多倍体诱导就尤为重要。
三、 实生选育
实生选育是指对实生群体产生的自然变异进行选择，将其中的优良单株经过无性繁殖获得新品种的方法。这是过去很久之前大家都在使用的方法，与定向杂交育种相比，可能需要更多的土地资源，但是会比较省时费力。我们现在常见的中国芍药品种基本都是实生苗选出来的，育种人从地里收到自然授粉种子并播种，实生苗开花后进行筛选。
四、 芽变选种
芽变选种是指从发生优良芽变的植株上选取变异部分的芽或枝条，再将变异进行分离、培养、繁殖，从而育出新品种的方法。在芍药育种中，应用较少，但是国外也曾通过这种方法获得新品种。我们可以通过嫁接等方法将芽变固定下来，再进行繁殖，从而选育出新的品种。
五、 分子标记辅助育种
随着分子标记技术的发展，分子标记辅助选择、分子辅助育种逐步运用到芍药属植物的育种中。芍药属植物从获得杂交苗，至第一次开花至少需要3~5年时间；再至性状稳定申请新品种则需要更长的时间，通过分子标记技术，构建芍药分子遗传图谱，对重要的分子标记进行选择，实现目标性状的早期鉴定，对减少人力、物力至关重要。（特色所 张继雨供稿）
